Barcelona'nın altyapısına 1997 yılında dahil olan Pique, çeşitli yaş gruplarında gelişim gösterdi. 2004'te Manchester United forması giymek için La Masia'dan ayrılan 30 yaşındaki oyuncu, bir sezon Zaragoza'da kiralık oynayarak La Liga'da top koşturdu.

2008'de Barcelona'ya katılan Pique, Katalan takımında 3 Şampiyonlar Ligi, 6 La Liga şampiyonluğu, 5 Kral Kupası, 3 İspanya Süper Kupa, 3 Avrupa Süper Kupa ve 2 Kulüpler Dünya Kupası zaferi yaşadı. Barcelona'da 422 maça çıkan savunma oyuncusu, 37 gol attı.