Flynn ise, yetkilileri yanılttığı için özür diledi. Adalet Bakanlığı, Ulusal Güvenlik Danışmanının Rusya şantajına karşı savunmasız kaldığı fikrini savundu. Bazı demokratlar da Flynn'in istifasını istedi. Flynn önce hakkındaki iddiaları yalanladı ardından da istifa etti. Flynn istifa mektubunda, “Rusya Büyükelçisi ile gerçekleştirdiğim telefon görüşmesinde sanırım başkan yardımcısına ve yetkililere eksik ve yanıltıcı bilgi verdim” ifadelerini kullandı.

Beyaz Saray, Flynn'in yerine geçici olarak korgeneral Joseph Keith Kellogg'in atandığını bildirdi.
Daha önce Amerikan basınında, Adalet Bakanlığının Beyaz Saray'ı Flynn'ın geçtiğimiz yıl yaptığı görüşmelerden dolayı uyardığı yer almıştı.