Olay tüm Türkiye’yi üzüntüye boğarken, servis şoförü Tamer İ., kreş sahibi ve aynı zamanda servis şoförünün eşi Yurdagül İ. tutuklanırken, 4 şüpheli ise tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakıldı.
Yaşanan olay sonrasında savcı Şükran Dedeağaoğlu'nun sanıklar hakkında hazırladığı iddianame Karşıyaka 2. Asliye Ceza Mahkemesinde kabul edilirken, sanıklar hakkında dava açıldı. Sanıklar geçtiğimiz Cuma günü ilk kez hakim karşısına çıktı. Servis şoförü Tamer İ. ve eşi Yurdagül İ.'nin tutuklu yargılandığı davada savcı, karı-koca hakkında "bilinçli taksirle ölüme neden olma", "suç delillerini yok etme, gizleme veya değiştirme" suçlamalarından 3 yıldan 14 yıla kadar ceza talep etti. Tutuksuz yargılanan servis hostesi Dilara K. hakkında da 3 yıldan 9 yıla kadar hapis cezası istendi. Savcı yine okuldaki görevlilerden Bekir G. hakkında "bilinçli taksirli ölüme sebebiyet verme" suçundan 3 yıldan 9 yıl, Arzu G. hakkında ise "taksirle ölüme sebebiyet verme" suçlarından 2 yıldan 5 yıla kadar cezasını istedi. Öte yandan, Ahmet S. içinse "suç delillerini yok etme, gizleme ve değiştirme", "suçuna azmettirme" suçlarından 6 aydan 5 yıla kadar ceza talep edildi.
Alperen Sakin'in ölümünün ardından İzmir Adli Tıp Kurumu tarafından minik Alperen'in kesin ölüm sebebi tamamlanarak dava dosyasına kondu. Kafanın sağ bölümünün deri altında kanama olduğu belirtilen detaylı otopside beyin dokusunun hafif ödemli, kafa kemikleri ve iskeletin sağlam olduğu görüldü. Sırtında ve bacak arkasında ölüme bağlı morlukların bulunduğu küçük Alperen'de sağ diz kapağı ve bacağın ön yüzünde çürükler tespit edildiği, dudakların açık kalan kısmında kuruluk saptandığı, akciğerinin hafif ödemli görünümde ve midesinin ise boş olduğunun tespit edildiği belirtildi.
Ölümün 'Yüksek sıcaklıkta kapalı ortamda kalmasına bağlı hipetermi (vücut ısısının aşırı yükselmesi)' sonucu meydana gelmiş olduğu detaylı otopsi raporunda belirtilirken, minik Alperen'de ateşli silah, kesici delici alet yarası, elle iple boğma izine rastlanmadığı, çocuk istismarı ile ilgili bulgu olmadığı bilgisi yer aldı.