Gençliğinde tahsil için İran’da meşhur olan Herat’a gitti. Sonra Semerkand ve Buhara’ya döndü. İlmin her dalında ihtisas yapma imkanı buldu.Sonra memleketini çok özledi ve Fâtih Sultan Mehmed Hanın ilk zamanlarında Anadolu’ya geldi.
Diğer taraftan büyük âlim Molla Gürânî hazretleri, Fâtih Sultan Mehmed Hana her zaman Molla Fenârî‘nin çocuklarının korunmasını belirtir ve onlardan birisinin yüce dîvân üyesi olacağını söylerdi.
Alâeddîn Ali Anadolu’ya ayak basınca, durumunu Pâdişâh’a bildirdi. Âlimleri çok seven Fâtih Sultan Mehmed Han, Hocasının da sözlerini hatırlayarak onu Bursa’daki Manastır Medresesine müderris tâyin etti. Sonra da, Sultan İkinci Murâd Medresesinde vazîfelendirdi. Ardından Bursa kâdısı, en sonra da kâdıasker yaptı. On yıl bu yüksek mevkide kalarak, ilmin ve âlimlerin şerefini korudu. Pekçok âlim, onun yüksek himmetiyle, lâyık oldukları şerefli hizmetlerin zirvesine ulaştı. Bir süre sonra kâdıaskerlik vazîfesinden ayrıldı ve emekli oldu.
Sultan İkinci Bâyezîd Han pâdişâh olunca, Rumeli kâdıaskerliğine getirildi. Sekiz yıl bu vazîfede kaldı. Sonra bu vazîfeden ayrılıp, Bursa’ya döndü. Burada günlerini ders okutmak ve ibâdet etmekle geçirip, Cumâ ve Salı günlerinin dışında her gün ders verir, gayretle çalışırdı. Senenin üç mevsiminde, Keşîş Dağı eteğinde, halenKadı Yaylası denilen yerde bir ev yaptırıp, orada oturmağı âdet edinmişti. Derslerini de burada okuturdu. Ancak kışın şiddetli zamânında şehire inerdi. Dâimâ ilimle meşgûl olurdu. Yatakta yatmazdı. Uyku bastırınca duvara dayanır, önünde kitap dururdu. Uyanınca kitaba bakardı. Bu kadar çok ilim sâhibi olmasına rağmen, fazla kitap yazamadı. Çünkü vakitlerinin çoğunu, kâdılık ve ders okutmakla geçirdi. Sâdece nahivde Kâfiye Şerhi’ni ve bir de, matematikte Tecnîs’in bir kısmının şerhi olan bir risâleyi yazdı. Matematik ilminin her dalında mâhir idi. Kelâm, usûl, fıkıh, belâgat ilimlerinde pek derin bir âlim idi. Akıllı, edebli ve vakûr idi.
Alâeddîn Ali, tasavvuf ilmiyle uğraşmaktan da büyük haz duyardı. Aklî ve naklî ilimlerde yüksek derecelere eriştikten sonra, tasavvufta mürşid-i kâmil derecesine yükselmiş olan Şeyh Hacı Halîfe’nin huzûruna gidip, ona talebe oldu. Bu zât, Zeyniyye yolunun büyüklerinden idi. Vefâtına kadar onun yanından ayrılmadı, böylece yüksek mârifetlere kavuştu.
Alaeddin Ali Efendi ; 903/1497 yılında Bursa’da vefat etti ve Dedesi Molla Fenari’nin yanına defnedildi.